位于上海市崇明岛的最东端,南北濒临长江的入海口,向东缓缓伸向浩瀚的东海,并与南北大陆遥遥相对。崇明东滩保护区南起奚家港,北至北八滧港,西以年建成的围堤为界限,东至吴凇标高零米线外侧m水线为界,仿半圆形航道线内属于崇明岛的水域、陆地和滩涂。即位于东’—’,北纬’—’之间。
崇明东滩保护区面积为平方公里,属长江口典型的河口湿地。其中自然保护区在堤外滩涂的面积共平方公里,包括吴淞标高零米线以上的滩涂为平方公里,吴淞标高零米线以外宽度米内的水域平方公里。堤内以人工湿地为主的面积为平方公里。
崇明东滩位于长江入海口,处于我国候鸟南北迁徙的东线中部,地理位置十分重要。其生物多样性价值体现在物种的多样性和生态系统的多样性。东滩滩涂辽阔,拥有丰富的底栖动物和植被资源,是候鸟迁徙途中的集散地,也是水禽的越冬地。崇明东滩记录的鸟类达种,迁徙水鸟上百万只。其中国家一级保护动物种,国家二级保护动物种。属中日候鸟保护协定的种,属中澳候鸟保护协定的有种。列入《中国濒危动物红皮书》的水鸟有种。