科加寺在藏语中是“定居”的意思。科加寺兴建的时代现在已难以考证,据说以前噶尔一带的居民擅长铸造佛像,有一天,居民们用马车运送一尊观音像,走到孔雀河边,马车被石头卡住,怎么弄也无法继续前行,于是人们就在车停之处建造了一座庙,取名科加寺。